Počas predvádzania starých remesiel tam návštevníkom hrali rôzne hudobné zoskupenia, medzi inými aj dnešný Čechomor. V tom čase sa ešte kapela založená Frantom Černým a Jiřím Břenekom volala I. Českomoravská nezávislá hudební společnost. Prvé zloženie kapely tvorili: huslista a spevák Jiří Břenek, gitarista a spevák František Černý, harmonikár Jiří Michálek a huslista Antonín Svoboda. Svoj prvý album Dověcnosti vydala skupina na konci roka 1990. Na albume, ktorý obsahoval 17 upravených ľudových piesní z Čiech a Moravy, hosťoval aj trubkár Radek Pobořil, ktorý je dnes stálym členom kapely. Nasledovali vystúpenia po celej Európe.
V roku 1994 skupina "zmenila zvuk" - prešla od akustiky k elektrickej podobe svojej hudobnej produkcie. Zloženie doplnil bubeník Martin Rychta. Ten so sebou priviedol aj Michala Pavlíka, ktorý hrá na cello a gajdy. V tom čase Jirka Břenek oslovil aj huslistu Karla Holasa, ktorý začal vystupovať s kapelou pod skráteným názvom Českomoravská hudební společnost.
V roku 1996 vyšiel Českomoravskej druhý album Mezi horami. Na jeseň v tom istom roku podľahol zákernej chorobe Jiří Břenek a skupina začala hrať v zložení Franta Černý, Karel Holas, Radek Pobořil, Michal Pavlík a Martin Rychta.
Začiatkom 90. rokov boli ale stále len exkluzívnou kapelou pre úzky okruh znalcov: vyhrávali v odborných anketách, ako obľúbená skupina Václava Havla reprezentovali českú hudbu vo foyer londýnskej Royal Albert Hall a vystupovali aj na rôznych charitatívnych večierkoch.
V roku 1999 Čechomor hosťoval na prestížnom festivale v nemeckom Rudolstadte a na Folk Festivale v belgickom Dranouteri. Ich koncert videl aj líder kapely Lucie David Koller a s nadšením skupinu pozval ako predskokana na turné Lucie „Větší, než malé množství lásky“. Po turné - na jeseň roku 2000 vystriedal Martina Rychtu bubeník Radek Klučka. Koncom roka došlo potom v Čechách k šokujúcemu úkazu: predaj nového albumu prekonal bez jediného plateného inzerátu či marketingovej kampane aj tie najodvážnejšie odhady. Na treťom albume s názvom Čechomor hosťoval ako bubeník aj David Koller a zaspievala si Lenka Dusilová. Po jeho vydaní si skupina definitívne skrátila názov na Čechomor. Na spoločné turné ich pozval Jarek Nohavica.
V tom čase prišla aj ponuka zrealizovať koncert v pražskom Rudolfíne. Čechomor si naň prizval komorný orchester Collegium českých filharmoniků, ktorý aranžoval svetoznámy hudobný skladateľ, spevák Jaz Coleman. Čechomor ho zaujal natoľko, že pod jeho producentským vedením natočili aj ďalší album Proměny.
Rok 2001 bol pre Čechomor pomerne náročný. Okrem hudobných povinností - koncertného turné a vydania albumu Proměny, natočili spolu s Jarkom Nohavicom, Karlom Plíhalom a Jazom Colemanom aj úspešný film Rok ďábla. Film získal Kryštálový glóbus v Karlových Varoch a sedem Českých levov. V roku 2001 získala kapela aj tri ceny Anděl: ako skupina roku, za album Proměny a rovnomennú skladbu.
V nasledujúcom roku Čechomor vyrazil na úspešné turné, ktoré vyšlo aj na albume Čechomor Live a v roku 2003 obnovil spoluprácu s českými filharmonikmi a spolu s nimi a ďalšími hosťami zorganizovali ďalšie turné. Proměny Tour 2003 je tiež zvečnené na 2 CD a DVD. Od januára 2004 hrá v skupine nový bubeník a perkusionista Roman Lomtadze.
Čechomor v priebehu svojho pôsobenia precestoval celú Európu, severnú Ameriku a Rusko, spolupracoval s divadlom Na Palmovce, bratmi Formanovcami, divadlom Continuo a ďalšími.
V súčasnosti skupina chystá vydanie nového albumu s názvom Co sa stalo nové, ku ktorému pripravuje aj koncertné turné - štyri koncerty v Prahe, Brne, Banskej Bystrici a Bratislave budú mať podobu krstov.
