Už v rokoch 2002 až 2006 sa Marián Chudovský stal prvý raz riaditeľom Opery SND. Na post generálneho riaditeľa SND nastúpil 1. júla 2012 v situácii, keď sa pred ním počas štyroch rokov vymenili traja riaditelia.
Vybrala ho konkurzná komisia, kde boli traja členovia, ktorí sa následne stali členmi jeho umeleckej rady ako poradného orgánu. Jeho prioritou bolo zmeniť zlé čísla a eliminovať kauzy v divadle, ktoré sa pred jeho nástupom množili.
Ako spomínal v rozhovore pre denník SME koncom roka 2012, inštitúciu prebral vo veľkých finančných problémoch, ktoré nebolo z čoho vykryť.
