Do roku 2001 múzeum sídlilo v bývalom Piaristickom kláštore v Prievidzi, ktorý však museli rehole piaristov v reštitučnom procese uvoľniť pre potreby cirkevného gymnázia.
Podstatná časť muzeálnych zbierok je umiestnená v budove bývalej základnej školy, ktorá je však mimo centra mesta a nedá sa využívať na výstavnú činnosť. Pritom HM je jediným vlastivedným pracoviskom pre okresy Prievidza a Partizánske. Pracovníci múzea podľa slov riaditeľky Ivety Géczyovej očakávajú vyriešenie týchto problémov od Trenčianskeho samosprávneho kraja, pod pôsobnosť ktorého HM v minulom mesiaci prešlo. V minulosti HM ročne zorganizovalo približne 15 výstav a stále expozície Príroda horného Ponitria a Mesto Prievidza navštívilo najmenej 15 tisíc žiakov a študentov základných a stredných škôl. V súčasnosti chodia odborníci z múzea na prednášky do škôl a výstavy v oveľa menšom počte organizujú v prenajatých miestnostiach.
Múzeum má pritom bohatý zbierkový fond predstavujúci 258 tisíc muzeálií. Sú medzi nimi skvosty nielen slovenského, ale tiež svetového významu. Medzi unikáty patrí napríklad Nitrianska Venuša, keramická soška zo 4. storočia pred našim letopočtom, ktorá je vyobrazená aj na slovenskej dvojkorunovej minci. Výnimočný je aj strieborný poklad z rímskeho hrobu a románsky meč z 11. storočia, bohatá zbierka zlatých a strieborných mincí, cechové pamiatky, súbor historických zástav s výnimočnou tureckou turisbullou zo 16. storočia alebo zbierky písomností poštovej služby od 17. storočia. Medzinárodný význam má aj rozsiahla zbierka bezstavovcov, fond dnes ohrozených a chránených rastlín a živočíchov, ako aj jedinečné paleontologické nálezy treťohornej a štvrtohornej flóry a fauny.
