Otec bol známy operný spevák Ondrej Malachovský. Brat je operný spevák Martin Malachovský. Manželka je skladateľka a klaviristka Ľubica Malachovská Čekovská, sestra hudobníka a speváka Mariána Čekovského. SVÄTOPLUK MALACHOVSKÝ sám dlhé roky spieval v opere, no už pätnásť rokov tvorí komickú dvojicu s Reném Štúrom. V seriáli Dvojičky si však partnera robil sám.